日本jr换乘skyline遇到的问题

我们从新宿上车在日暮里换乘skyline到成田机场，本来买了新宿到机场的jr票（大概一千多烟），但是新宿的时候遇到个很热心的日本mm说jr和后面的到机场的火车不是一家公司的，所以帮我们换成新宿到日暮里200烟的jr票。
于是到了日暮里，出站，再买了价幕上对应的到机场票进站，然后要换skyline的时候一个乘务员阿姨说要去窗口换成到机场线路的票，到窗口窗口大叔说这是jr票要去jr counter，于是迷茫的小伙伴去jr counter退了票以后因为行李和同伴都在里面又跑进来在刚刚的窗口买skyline的票，这时候大叔又问我们要jr是票。
这过程花了很长时间而且大家都不开心。所以我想知道正常流程到底应该怎么样的？因为我的理解就应该是一开始窗口就把jr票换成机场线路票，可是他又让我们去jr柜台？